CIR et subventions pour start-ups : 5 points à surveiller

2 octobre 2025

Start-ups, quelques tips pour sécuriser le crédit d’impôt recherche et les subventions

Exponens est amené à intervenir auprès de nombreuses start-ups, que ce soit en expertise comptable ou lors de due diligences financières menées lors de levées de fonds.

Les start-ups sollicitent de façon naturelle des subventions et des crédits d’impôt dont le crédit d’impôt recherche qui est le plus courant.

Comme une mauvaise gestion de ces aspects peut conduire à des redressements importants ou à l’échec de levée de fonds du fait d’un risque perçu trop important sur ces sujets, quelques points à surveiller de près :

  • L’encaissement du crédit d’impôt recherche : la possibilité d’encaissement l’année N+1 du crédit d’impôt de l’année N est réservée à certaines entreprises (notamment les PME). Pour les entreprises de taille importante ou avec un actionnariat ne permettant pas d’entrée dans ces catégories, le délai de récupération est de 3 ans. Il est important de surveiller en permanence l’actionnariat et la taille des sociétés pour vérifier que la société peut toujours bénéficier d’une récupération du crédit. Si ce n’est plus le cas, la société peut recourir à des solutions de préfinancement mais avec un coût.

  • La sécurisation du CIR par un expert externe : il peut être mis en avant par une société que son CIR est sécurisé par un intervenant externe qui prend à sa charge les conséquences en cas de contrôle. Attention, cet expert ne s’engage habituellement qu’à hauteur des honoraires perçus.

  • Le CIR et le contrôle fiscal : une société peut considérer que son CIR est sécurisé car non remis en cause par un contrôle fiscal. Attention, il peut y avoir un contrôle réalisé sur la partie innovation par le ministère de la Recherche.

  • Le CIR et les autres subventions : pour ne pas compter deux fois, il est demandé de retirer de la base du calcul du CIR les subventions. Si ce principe est naturel, la mise en application demande une attention particulière notamment en cas de lissage des subventions.

  • Les subventions et la règle des minimis : certaines start-ups peuvent percevoir de nombreuses subventions et les règles européennes imposent des plafonds pour éviter de perturber les règles de marché : la règle de minimis. Il convient pour une start-up de suivre le respect du plafond en intégrant le fait que certaines subventions et certains crédits d’impôts sont exclus du calcul.